自然资源系统包括的单位有:办公厅、综合司、法规司、自然资源调查检测司、自然资源确权登记局、自然资源所有者权益司、自然资源开发利用司、国土空间规划局、国土空间生态修复司、国土空间用途管制司、耕地保护监督司、地质勘查管理司、矿业权管理司、矿产资源保护监督司、海洋战略规划与经济司、海岛海岛管理司、海洋预警监测司、国土测绘司、地理信息管理司、国家自然资源总督察办公室、执法局、科技发展司、国际合作司(海洋权益司)、派出机构(16家)、国家自然资源督察北京局、国家自然资源督察沈阳局、国家自然资源督察上海局、国家自然资源督察南京局、国家自然资源督察济南局、国家自然资源督察广州局、国家自然资源督察武汉局、国家自然资源督察成都局、国家自然资源督察西安局、陕西测绘地理信息局、黑龙江测绘地理信息局、四川测绘地理信息局、海南测绘地理信息局、自然资源部北海局、自然资源部东海局、自然资源部南海局、信息中心、国家海洋信息中心、财务服务中心、宣教中心、评审中心、人力中心、宝石中心、整治中心。